伊里安查亚省的“自由巴布亚运动”叛乱活动可追溯到1969年，在那之前，批 评者认为受到操纵的“自选运动”，纽几内亚岛西部一半领土的全部主权划归印度 尼西亚。
这块领土曾是荷兰东印度帝国的一部分，1963年由联合国移交给印尼，并准备 随后就这块领土的未来归属问题举行全民公决。
印尼政府从该地区150万人口当中挑选出约1000人，其中许多人刚刚脱离石器时 代，结果这些人在投票中一致造成融合。
“自由巴布亚运动”最后一次引人注目的闹事是在1996年初，游击队抓走7个西 方人和几个在洛伦茨公园工作的印尼人，过了大约5个月，这些人被印尼军队解救出 来。西方人质都还知着，但有两个印尼人被绑架者砍死。
在这个群岛的另一端还有一个潜伏着麻烦的地区，即苏门答腊岛北部的亚齐特区。
亚齐的长期叛乱在90年代初达到高潮，后来政府采取强制手段，进行围捕并疏 散了其领导人，叛乱活动得到控制。
至今只有亚齐、东帝汶和伊里安查亚是外国记者未经官方——也就是军方—— 批准不得擅入的地区。
印尼正遭受几十年来最严重的经济危机，政治动盪的后果也难以预料。
这个国家本身就是一复杂的群岛，大约300个民族特点各异的群体分布在17500 个岛屿上，他们拥有自己的语言和方言。
全国2亿人口中约60%聚居在过于拥挤的爪哇岛，政府的长远打算是让爪哇岛上 的人迁移到地广人稀的地区，这也促使了民族紧张气氛加剧。
武装部队总司令兼国防部长维兰托上将今天警告伊里安查亚的脱离主义者说， 树起分离主义的旗帜无异于“叛国”。
过去，树起分离主义旗帜的人曾受到颠覆罪的指控并被判长期监禁。
但政治分析家说，由于处在政治改革的新时期和受到国际社会的监督，军队在 动用武力平息分离主义示威活动方面比较克制。
军方负责政治社会事务的陆军中将班邦·尤多约诺在印尼主要日报《罗盘报》 上发表文章说：“最重要的是统一……统一就屹立，分裂就会倒下。”
苏哈托的影响没有消失。雅加达不时传出他在武装部队的支持下捲土重来的消 息。根据是：下台后，苏哈托仍能到雅加达武装部队营地的清真寺做星期五祈祷， 另外，苏哈托仍是执政的专业集团中央指导委员会主席，仍在发挥政治影响。
军队领导人被迫公开否认他们正在帮助苏哈托重新得到权力。在6月29日举行的 一次记者招待会上，印尼武装部队司令维兰托承认，他和其他几位高级军官仍同苏 哈托保持着密切关係。但他坚持说，这种情况不表明他们之间有什么阴谋，也不表 明军队将帮助苏哈托重当总统。
新内阁组成后，印尼新总统哈比比采取了一些看来是得到苏哈托支持的行为， 包括他上月决定解除总检察长阿特菲内戈罗的职务。在那之前，阿特菲内戈罗曾宣 布，他将组织调查前政府官员财产的行动，其中显然包括苏哈托。
7月15日，中爪哇淡满光地区的帕拉坎镇暴发新一轮的暴乱，数以百计的市民在 参加回教聚会后群起闹事，有35间商店、银行、房屋及政府建筑物被毁。
清晨，帕拉坎镇的市面已回復平静，当地的回教领袖亦呼吁市民保持克制，暴 乱中暂时未有伤亡报告。
另一方面，东帝汶人的反印尼情绪有增无减，并强调不会停止目前的示威抗争 行动。在东帝汶首府帝力的东帝汶大学，仍有千多名学生连续两天在校园举行示威 集会，要求就该前葡萄牙殖民地的独立运动进行全民公决，并要求印尼当局释放知 名的东帝汶游击队领袖古斯芒。
印尼新总统哈比比再次重申，儘管东帝汶的示威行动升级与国际间不断作出公 决的呼吁有关，东帝汶仍然是印尼的一部分，政府势必继续保持当地的现状不变， 至于是否释放古斯芒，哈比比表示会作出考虑。
哈比比同时认为，印尼的经济儘管已跌至谷底，但只要有“密集及实质”的改 革行为，加上民众的协助，他有信心在一两年内便能够復生。
印尼武装部队司令兼国防和安全部部长维兰托7月17日在雅加达这万隆分别发表 讲话说，武装部队将对抢劫等违法行为采取严厉措施。维兰托这番话是针对近期爪 哇各地发生一系列哄抢商店和种植园事件的。他说，军队目前面临的最紧迫任务是 保证社会安定。
维兰托承认，哄抢事件和其它犯罪活动同目前的经济危机密切相关。从去年7月 开始的危机使不少人失去工作，许多人处在饥饿边缘。但是，他强调，这不能成为 破坏治安的藉口，“即使我们处在危急时刻，我们也不能容忍犯罪行动。”
他说，如果没有稳定的形势和安全感，国家经济状况就不能得到恢復，投资者 和游客也不会再踏上印尼的国土。
他透露，他17日在雅加达召见了10个军区司令，命令他们采取果断措施打击日 益增多的犯罪活动。
新闻媒体则报导，哄抢活动最严重的地区是东爪哇。7月16日，东爪哇首府泗水 东南220公里的任抹，1000多人袭击了该市商业中心，抢劫食品、电器和各种零部件， 迫使几十位华人店主逃跑。哄抢者不理会军队发出的停止抢劫的要求。