如混元气理论所述，任何独立事物都不是单一的，而是两种以上物质混化而成的混元整体，因而每一事物都有自身的混化形成过程。形成以后，又和外界不断地进行着新的混化。万物都从初始混元气演化而来，又在初始混元气的大背景中进行着新的演化，从而使宇宙的时空结构呈现出日新月异的变化。它们是怎样变化的呢？也就是说，它们的运动方式是怎样的呢？混元整体的基本运动是：
一、开合、聚散、出入、化
这四种运动形式，无论在混元整体的自身运动中，还是在与它物的混化运动中，都是普遍地存在的。下分述之。
开合：这是每一层次的混元整体都具有的最基本的运动形式，其它运动形式都是建立在这一基础之上的。开指混元气的界面向外展开，合指混元气的界面向内圈合。
聚散：聚指混元气的各组元进行的聚集，它开始是各组元间疏密程度的聚集，达到一定程度后，就可发生相态的变化，“聚则成形”的“无形生有形”的变化过程即混元相态变化之聚集；散指混元气各组元密度的疏散，它可以是混元气各组元间的一般稀疏化，也可以是相态变化的疏散。实体物的“散则成风”的“有形化无形”的变化过程即混元相态变化的疏散。
出入：出指一事物的混元气外溢而出，它多在开、散的基础上起作用；入指自身或外在的混元气内敛而入，它多在合、聚的基础上起作用。
化：指化生，《黄帝内经》中就说：“物生谓之化。”由是而知，化是通过开合聚散出入而引起的混元气的变化。化是关系到物质性质的改变过程，其实质是物质时空结构重整化的过程。化这一运动涉及范围较广，往往引起混元气的根本变化，是混化的简称。
在上述四种运动形式中，开合是基础，化是根本。之所以说开合是基础，因为聚散、出入是建立在开合的基础上的，如散与开紧密相关，聚与合紧密相关，无合不能聚，无开不能散。出入也是如此，而且要更复杂些。欲外出，则需伴随向外开、散；欲内入需伴随向内聚、合。然而三者又是有区别的：开合主要指混元整体的界面的开放与闭封而言；聚散则指混元整体自身的混元气的聚集与疏散而言；出入则指混元整体的混元气的外出与内入而言，它有了与外界交换的内容。
说化是根本，是因为开合、聚散、出入的过程都会引发起一定程度的化，只是在不同事物、不同层次的混元气中的开合、聚散、出入所引起的变化的程度不同，内容也有着很大的差别而已。譬如，混元子层次仅有混元子的展开与向内圈入的开合运动形式，所以由此引起的化是在开时形成初始混元气，它的合只是到了万物复归混元子时才呈现内合。宇宙的“一生一灭”乃混元子一开一合的过程。在初始混元气层次，由于有着开合、聚散两重运动形式，因而使化的内容也多样化了。如具有空间和时间特性的复合子之间进行的不同时空特性的聚合，可形成不同的线的信息（这一过程也是时空分散开，各自独立的过程），由此聚成能态物混元气，进而形成万物混元气。在万物层次有了开合、聚散、出入全部的运动，由于混元气已被形体固定，形成了与之相应的混元体，因而在无生机的物质中，自身的混化运动不明显（譬如原子的电子可以等量的出入而不发生变化，即可作为比附说明），化体现在与它物的化合中。在有生命的物质中则不然，该物的混元气时时都随着开合出入聚散进行着混化的运动，它不仅进行着自身的混化运动，而且与外面混元气进行混化。
或问曰：混元整体如何与外物进行混化呢？
二、万物层次的混化
这里主要谈实体物的混化。实体物的所有变化，都是实体物混元气混化的结果。实体物的混化包括简单物质混化成复杂物质与复杂物质分化（混化）为简单物质两种形式。此混化过程虽然是实体物之间的变化，若究其实质却是一个复杂的有无相生的混化过程。试以无机物的变化过程说明之。例如，金属钠（Na）遇水（H2O）生成腐蚀性很强的氢氧化钠（NaOH ) , NaOH的整体性——如腐蚀性，并不是由Na+与OH－简单迭加形成的，而是两者混元气混化的结果。因为有了Na+与OH－并不一定会形成NaOH，如钠盐（NaCl或Na2SO4）水溶液中，既有Na+、又有OH－，只是未进行混化，就不能形成NaOH。然而电解食盐（NaCl）溶液，却能在阴极放出氢，且在极旁生成NaOH，在阳极放出氯（Cl2）。这是因为在电解过程中，Na+与OH－进行了混化，而H+与H
+进行了混化，Cl－与Cl－进行
了混化的结果。物质的混化过程是改变参与混化的物质的原有特性过程，同时又是生成新的统一整体的过程，在此过程中有的物质消失了，有些物质新生了。对此，混化理论认为这决不是简单的化学反应，而是物质混元气混化的结果，这一过程的物质变化存在着一个有无相生的复杂过程，这在生物的新陈代谢过程中表现得更为明显。譬如新陈代谢的同化过程，是把摄入到生物体内的独立存在物，通过改变其独立性质变成整体的一部分的过程。把该过程展开来看，则是：实体独立存在物 化成—→ 该物混元气 变成—→ 失去独立性质的混元气 聚化成 ——→ 整体的一部分（非独立