混元整体理论是超常智能的整体观，它所论述的一切特点都是建立在此基础上的。
一、整体的实在性
混元整体理论所述的整体，不仅是事物的一种性质，而且是一种特殊的真实存在。是可以和超常智能起作用的真实存在。它可以贯穿、体现在实物中的各个部分。
二、整体的层次性
混元理论认为任何混元整体都是由两种以上物质特性混化而成的，因而使混元整体呈现出层次性。它既可以表现为混元整体演化过程的层次，也可以表现为同一事物中的层次。每一层次都具有整体中的共性，这与现代混沌理论中的碎形结构有相通之处，较传统气功理论中的“一物生来有一身，一身自有一乾坤”的每物都有一太极的观点，则上升一个螺旋。譬如整个宇宙包括初始混元气层次与实体物质（混元体）层次，此后者又可分无生机实体物层次与有生机（包括植物与动物）实体物层次。拿人体来说，可分为物理、化学、生命、意识等运动层次，每个层次都是一个整体。同时，混化整体又是由其所含的各个部分（或各个阶段）混化而成的。对此，我们必须注意到：
（一）要把认识的对象当作一整体来研究其变化规律，还要把认识的对象看作是比它更高级的层次上的整体的一部分，在所在的高层次的整体的背景之中来进行考察，所谓整体只是它所属的局部的整体，它是由各局部特性及其相互作用中产生的特性加上周围环境的作用形成的。
（二）正如板田昌一所说：“现代科学发展了一个概念，即自然界是由无限个层次组成，各层次在性质上都相互不同，各自服从自己的规律。”所以，对于不同层次的事物，常态智能应用不同的方法——与各层次事物相应的方法去认识它，因而产生了科学中的物理方法、化学方法、生物方法等不同方法。在超常智能里，虽然无需像现在科学方法那样多变，可以直接抓着它的整体本质，但是不同层次的事物的规律也是不尽相同的，这不仅需要不同程度的功力，而且需要掌握相应的规律。
（三）任何整体中的各层次、各部分都是服从于整体的，因此处理整体问题时，只要抓住整体性这个根本，就能起到提纲挈领的作用，无需纠缠在局部上。
（四）各层次间可以转化。低层次可以跃迁到高层次——这表现为前述的各层次的演进，也可以由高层次失掉该层次的特性下降到低层次。譬如，人出生后若不能获得特具的意识（如狼孩、虎孩），可退化到一般动物层次；动物死亡可回归无生机层次；有形物质回归化为能量形式等。每一层次都有其特殊的质的规定性，而不是低层次简单迭加。
（五）生物的混元整体是在发育过程中逐步完善的。生物的混元整体指该生物的全部特征得以展现的整体状态。在高等植物来说，即当根茎叶花都已具备，在形成种子的过程中，它的全部时空特性得到了完全的展现，也就在这时，又把全部时空结构特性内化到种子中。虽然在种子里包含着原植物的全部时空特性的混元气，但当这些混元气内聚成形被淀积到实体物中时，它就变成了发育成新个体的混元气的一部分（而非全部），所以它只是具备了能够发育成新个体的种子方面的全部信息，但不是已经形成的新个体的全部信息，因为新个体的全部时空结构是生长发育过程中，经过种子的发芽、生根直到开花，形成的完整时空结构的全部信息（包括形体内外的混元气）。它是种子的混元气与外界的混元气（如空气、水气、养料、阳光中的混元气）相混化的结果。在其它阶段中，虽然植物本身也是一个整体，但它的混元气不能涵盖该植物的全部时空特性，而只是阶段特性。整体特性处在潜伏的形式，这也是混元整体与局部的特殊关系。
三、时间、空间的整体性（也叫整体时空现）
混元整体理论认为时间与空间都是混元气的混化整体，也就是说任何时间、空间都是事物的混化表现，不存在没有任何事物（混元气）的空无所有的空间，也没有脱离事物的时间。把混元子层次的时空称为绝对时空，只是因为它是一种绝对均匀不变的混元状态（也不是什么都没有）。一旦发生变化就进入了初始混元气层次的时空了。
（一）空间整体观
如上所述，任何空间都是混元整体结构特征及其延展的现实表现，如我们宇宙的开始空间是初始混元气结构的现实表现，当进入万物层次以后，就成了万物混元气的现实表现。我们宇宙的现在空间，则是各以往空间的综合。现在的万物虽然都占据着一定的局域，但这局域空间也是整体空间的一部分，因而展现了局域空间的特性。
1、局域空间的不界定性。任何具体的混元整体的有形实体部分都有它一定的局域界限，然而它的气场的界限则是不明确的，它可以混入周围空间。比如物质的气味，人对这些气味并不太敏感，而苍蝇可以从很远处闻到有关的臭味，飞到实物现场。属于实物的气味尚且如此，无形的气场就可想而知了。
2、局域空间的整体性。一方面任何局域空间都是混元子、初始混元气空间的一部分，因而它包含着这些整体的特性；另一方面万物的混元气彼此互相渗透、作用、联系，虽然不能说任何局域空间都有万物的全部内容，但和万物确实有着不同程度的互相包容。
（二）时间整体观
任何事物的现实结构在空间的展现，都