混元整体理论适用于宇宙中各层次的不同事物，因而内容非常广泛。为了讲述方便，从气功科学的角度，本书把它分为六章，即混元论、整体论、人的混元气、意识论、道德论、优化生命论与混元医疗观。这里仅作一内容提要。
一、混元论
主要论述事物的混元整体的内容特征，认为宇宙中任何事物都是混元气的不同表现。包括
（一）混元物质观：认为任何事物都不是单一的，而是由两种以上物质因素混化而成的混元整体（混元气）。宇宙中有不同层次的混元气，混元子是宇宙中最基本的混元气，而后有原始混元气、万物混元气（包括无生机物质与有生机物质）、人的混元气，最后是产生意识活动的混元气——意元体。
（二）混元运动（变化）观：任何事物都处在混元变化之中，每时每刻都在进行着自身与外在环境的混化。
（三）混元时空观：时间和空间都可呈现混入包容的状态，如时间的过去、未来可混入现在的一刹那，延展空间可以混入一局部等。
二、整体论
主要论述事物的混元整体的形式特征，包括宇宙整体观、人天整体观、人体整体观等内容。
三、人的混元气
主要论述人体混元气的体性、生成与变化规律及其与人的生命运动的辩证关系。
四、意识论
指出意识活动是一种特殊的物质运动形式， 是人体混元气的特殊表现形式——意元体的活动内容与过程，是人的本质的根本表现；进而论述意识活动的内容、规律及其在生命活动中的主导地位。
五、道德论
论述作为意识活动内容的道德在意识活动中的重要地位。
六、优化生命论与混元医疗观
用混元整体理论论述人的生理、病理、医疗以及如何向更高层次跃迁。