现代科学、医学、哲学都一致公认，人是有意识的最高级的动物。人区别于动物的根本点是精神活动统帅生命活动。换句话说，人的生命活动是完成意志目的之手段。人类已经在广阔的领域里按照自己的意志来改造客观的自然界，使之为人类服务。然而却还没有自觉地按照自己的意志来改造自身的肉体与精神，使之朝着更高级、更美好的境域前进。智能气功就是强调通过自己主动地运用意识来改造自身的科学，而传统气功理论不能为此提供基础理论。尤其是不能提供关于意识的强大作用的理论。新建立的混元整体理论把这一问题解决了。试以骨折为例说明之。现代科学、医学都认为骨折是不可能迅速愈合的，俗话说“伤筋动骨100天”，就是对骨折难以愈合的描述。或问何以致此？现代科学发现，正常的骨骼的外表与内部带电不同，一旦骨断，骨折两端的端面原来属于内，变成了属于外，其带电性也都成了正电，两骨折端都带正电而同性相斥，所以难以愈合。这是现代科学对人这个自然物（骨折）的自然属性的描述。从自然现象来看，无疑是正确的。然而智能气功科学要通过意志作用来改变这种自然状态，要求使之迅速愈合，即使是传统混元气理论也难以提供可靠的理论根据。因为传统混元气理论中的“聚则成形，散则成风”主要讲述的是大自然的混元气的特性，对人的混元气认为就是人的元气。仅靠元气的作用不能达到上述目的。新建的混元整体理论，突出了人体混元气的意识性，甚至可以说人的混元气的最根本特点就在于它的意识性，而意识又是全息的，因而为通过意识的能动作用来改造客观世界、改造自身生命运动提供了可靠的理论基础。练智能气功的目的，就在于强化这一混化过程。征之实际，智能气功的很多老师都可以愈骨折于顷刻，就是成功地应用这一理论的范例。
我们创建的混元整体理论的最大特点是，它突出了意识的全部内容，揭示了意识活动的规律与实质，阐明了意识的作用，指出了人类的出现改变了自然界以往的纯自然的客观属性，论述了人类在今后的发展过程中，将最大限度地发挥意识的常态智能与超常智能的作用，为人类自身服务，促成人的“自由自觉”的类本质的早日实现。