一、意元体的形成
意元体是宇宙初始混元气不断演化发展的结果，是演化到了具有特殊构造与功能的大脑皮层后，而呈现的特殊的物质运动形式，它是在神经细胞有了高度分工基础上的混元态。
从种族发展史来看，它是动物界发展到有了比较发达的脑的基础上产生的。很多低等脊椎动物，虽然也能在一定范围内反映客观世界，但还没有进行抽象、概括而形成概念的能力，因而还不可能建立起第二信号系统，更不可能映象出意识领域内的自身状态。虽然这些动物也具有了一定的思维能力（如低级的分析、综合等），但由于大脑皮层的脑细胞彼此连通的简单化，还不能形成具有相对独立性的意元体，对动物脑的这种状态，不妨称作脑元体以别于人的意元体。只有到了人这个阶段，各组织器官（如手与发音器官等）的功能的分化进一步精细，形态建构进一步完善，大脑皮层高度发达，脑细胞的数量与构成有了明显变化，尤其是脑细胞之间的联系——树突突触的广泛形成，致使脑神经元中的信息量极大地丰富，这一变化达到一定临界值时，就使脑细胞彼此间有可能连成一个整体，使充斥在脑细胞内外的混元气完成了最大程度的溶融、混化，从而形成了一个质地均匀、以脑中心为中心的混元体——意元体。意元体的出现，使神经系统的功能又上了一个层次，为建立自我奠定了基础。
在胎儿的发育过程中亦是如此。当脑细胞发育到相当成熟时（在妊娠的第7个月左右），意元体也随之呈现出来。如“胎儿混元气”中所述，胎儿在子宫内处在发育时期，身体各组织器官都在按自身规律发育，于是决定了在子宫中的胎儿受到内环境与外环境的刺激比较均匀；再加上胎儿的脑细胞尚处于较低功能态，尚未建立与身体各部分之间的功能联系，所以脑中基本上处于宁静状态，还谈不上对各种事物的具体的反映。胎儿出生以后，在未出现呼吸之前，基本上保持着这种状态。应该指出的是，这时意元体中已经包涵着人体的全部生命信息，鉴于这时的意元体只是带来了个体生命与种族的信息，还没有在后天的生命中把信息展开，其功能更没得到体现，意元体处在无识无知、无分无别、最原始的均匀态。因此我们称此为初始意元体（相当于佛家说的白净识——亦称第九识）。诚然，初始意元体在胎儿期间其“白净”之性也会受到一定影响，比如身体各部的生命活动由于遗传因素与现实状态，即使是在初始意元体刚刚形成时，就已成为意元体内的特定内容了。然而，这正是混元整体理论与初始意元体的特征，也是与佛家“白净识”的区别所在。
胎儿的初始意元体形成以后的三个月，确实在发生着一定程度的变化，如接收体内外的各种信息。所以未能象出生后那样很快建立起初步的意识活动，关键在于胎儿意元体接收的信息未能得到强化：既没有属于常态智能的感官对客体的印证，没有语言信息与实物信息的结合，也没有超常智能的混元整体信息与之接通，所以胎儿的初始意元体在出生前的三个月内，基本上仍处在“混沌”状态。如果能有效地改变上述状况，胎儿意元体也一定会发生相应变化的。
二、意元体的变化
胎儿出生以后，独立的生活逐步建立，身体各部的功能也在和大自然的接触过程中，相继地发挥出来。这一切，都会在大脑中打上一定的印记。因此意元体也就随之发生了变化，在均匀的初始意元体中形成自我意元体，形成偏执的主观世界（我执），形成一系列意识活动……
（一）自我意元体的形成
这里所说的自我，与弗洛伊德所说的自我不是一回事。弗洛伊德认为，自我是本我（本能）与超我（理智）的协调者。我们这里所说的自我意元体是客观世界（包括社会、自然和自身的生命活动）内化到初始意元体中形成的主客参照系的综合统一体，它不仅是自我感觉，而且是有一定力量的真实存在，这种力量叫意识力，是由物质力与生命力变化而来的“信息结合力”。它是在人体发育过程中形成的。下面将进一步论述。
胎儿出生以后，一方面外环境不同于在子宫内身体漂浮于羊水中受力均匀的状态了，身体的一部分接触到物质的刚体特性（如床），一部分接触的是空气，于是身体各部接受的刺激有了区别。另一方面，各个内脏功能的启动，改变了胎儿时匀布状态的内环境。这一切都会在初始意元体中打上烙印。随着各感觉器官的活动，外界（自然的与社会的）各种信息源源不断地输进初始意元体中，于是客观世界逐步内化到初始意元体（也即主观世界）中来。在这个主观世界中的映象开始复杂了：既有人自身生命活动属于主体的信息（尽管人自身对它们还不认识）, 又有周围环境中的信息（包括自然环境信息与周围人的信息）。这是客观世界内化到意元体中的最基本内容，是自我意元体的第一阶段。这一阶段的活动还只是处于反映阶段，还未能对生命活动行使指挥权，意元体与生命活动的关系可以说是反映关系的同一，即生命活动是什么样子就在意元体反映出什么样子。鉴于环境中的各种信息以更强烈的形式内化到意元体中，而且这些信息是广阔的环境的映象，是不同于自身生命信息的映象，于是在意元体的全部映象中形成了主体映象与客观环境映象的差别。客